L'Assemblée générale est l'organe exécutif de l'ICOMOS. Elle est composée de tous les membres de l'ICOMOS. Elle se réunit tous les trois ans pour élire le Bureau et le Comité exécutif. Elle est chargée d'élire le président de l'ICOMOS, le secrétaire général, le délégué général aux finances et cinq vice-présidents qui, ensemble, constituent le Bureau. Elle élit également les douze membres du Comité exécutif. Elle renouvelle le plan stratégique, le programme triennal et les orientations budgétaires. Elle contrôle la réalisation des objectifs de l'ICOMOS. Parallèlement aux élections et obligations statutaires se tient un congrès scientifique international, chaque fois sur un thème différent.

Le Comité consultatif est constitué des présidents des comités nationaux et des comités scientifiques internationaux. Il se réunit une fois par an pour actualiser la mise en œuvre du programme. Sa fonction est de conseiller le Comité exécutif et l'Assemblée générale, de faire des suggestions et des recommandations sur les orientations des activités et les priorités du programme de l'ICOMOS. Le comité consultatif élit son président tous les trois ans. Ce dernier est membre de droit du Comité exécutif et invité à participer aux réunions du Bureau.

Le Comité exécutif est l'organe de direction de l'ICOMOS. Il comprend vingt-six membres : le président, le secrétaire général et le délégué général aux finances, les cinq vice-présidents qui, ensemble, constituent le Bureau -, le président du Comité consultatif, douze membres élus et cinq membres cooptés. Ce sont tous des professionnels reconnus et ils représentent les grandes régions du globe. Ils sont tous élus ou choisis parmi les membres individuels de l'ICOMOS. Le Comité exécutif prépare et met en œuvre le programme et le budget, contrôle leur mise en œuvre. Il doit approuver la constitution des nouveaux comités nationaux et comités internationaux scientifiques.

Le Bureau, constitué du président, du secrétaire général, du délégué général aux finances et des cinq vice-présidents, s'assure de la réalisation du programme dans l'intervalle entre les sessions du Comité exécutif.

Le secrétariat international

Le secrétariat international est situé au siège de l'ICOMOS qui se trouve à Paris. Une équipe opérationnelle gère le secrétariat et le centre de documentation UNESCO-ICOMOS, animé par un directeur.
Le secrétariat international coordonne la mise en place du programme fixé par l'Assemblée générale.
Le secrétariat international comprend trois divisions : administration, patrimoine mondial et documentation.